A Mag- és termésgyűjteményben a természetben és a botanikus kertekben gyűjtött tételeket egyaránt találunk. A 19. század végén egzotikus tájakról (Új-Guinea, Fülöp-szigetek) származó anyagokkal gyarapodott. Később a hazai kutatók tovább bővítették, azonban a II. világháború alatt szinte teljesen megsemmisült.
Magángyűjtemények megvásárlásával, valamint a Vácrátóti Botanikus Kert maggyűjteményének bekerülésével gyarapodott. Friss gyűjtéseket is végzünk azzal a céllal, hogy a hazai flóra fajainak magvai és termései eredeti élőhelyükről begyűjtve minél teljesebb számban legyenek képviselve. A törzsgyűjtemény ma több mint 38 000 kapszulából áll.
