A Halgyűjtemény ma közel 13 ezer leltározott példányt tart számon. Több mint 90 százaléka üvegben tárolt, alkoholban tartósított preparátum, de fellelhetők benne szárazon montírozott halak, csontok és egyéb maradványok is.
A gyűjtemény nagy része Magyarországról származik, jelentős eurázsiai anyaggal kiegészülve, azonban egzotikus fajok példányai is találhatók benne a világ minden tájáról. A gyűjtemény muzeológusai nagyban hozzájárultak a gazdaság számára is jelentős magyar halfauna, illetve a védett és veszélyeztetett halak feltérképezéséhez. A gyűjtemény azóta is egyfajta morfológiai adatbankként, illetve az utóbbi évtizedekben genetikai bankként is szolgál: itt őrizzük például a 2015-ben új fajként leírt bihari márna bizonyító példányait vagy a Duna magyar szakaszából mára eltűnt viza és a valószínűleg kihalt al-dunai állas küsz preparátumait is.
