A gombák lebontó szervezetek. A közismert, szabad szemmel jól látható, erdőn-mezőn növő kalapos gombák mellett rengeteg kis méretű, csak mikroszkóppal látható gombafaj is létezik. A gombák az ember szempontjából is jelentősek (például termesztett gombák, antibiotikum-termelő penészgombatörzsek, bor- és sörélesztők). A gyűjteményben a begyűjtött gombák jelentős részét szárított állapotban, papírkapszulába csomagolva őrizzük (111 000 példány).
A nagytermetű gombafajokat a növények préseléséhez hasonló módszerrel preparáljuk. Kutatóink közel ezer új gombafajt írtak le az idők során.
A Gombagyűjtemény szerves része a Gombagénbank, ahol folyékony nitrogénben, élő („hibernált”) állapotban tárolunk gombatenyészeteket (1200 db). Kiállítási és oktatási célokra természethű, fagyasztva-szárított gombatermőtesteket használunk.
