A Történeti gyűjteménybe olyan példányok tartoznak, amelyek tudomány- vagy gyűjteménytörténeti szempontból érdemesek a megőrzésre, emellett önálló tárgyegyüttesként való kezelésük indokolt. E kollekció részegységei: 1. a „magyar geológia atyja”, Szabó József által a 19. század második felében, főként Selmec- és Körmöcbánya környékén és az Eperjes–Tokaji-hegységben gyűjtött kőzet- és ércminták; 2. Christian Andreas Zipser magyarországi ásvány- és kőzetgyűjteménye a 19. század első feléből; 3. korábbi munkatársaink és néhány további magyar geológus tevékenységéhez kapcsolódó kutatói mintaanyagok; 4. címkéjük alapján az 1956 előtti régi gyűjteményhez tartozó, de a katalógusok és tárgycédulák elpusztulása miatt dokumentáció nélkül maradt példányok kollekciója.
