Nevezetes gyűjteményrészek

A gyűjteménybe a következő, egykor külön nyilvántartott kollekciók maradványai vannak beolvasztva (zárójelben a megszerzés éve):
•    Brunswick–Forray–Chotek-gyűjtemény (eredetileg 3755 db; 1827/1850)
•    Gyurcsák János alezredes gyűjteménye (1834)
•    a Királyi Magyar Természettudományi Társulat gyűjteménye (eredetileg 1449 ásvány, kőzet és 1 meteorit; 1856)
•    Lobkowitz-gyűjtemény (eredetileg 39 425 ásvány, kőzet és ősmaradvány; 1870)
•    Mikecz András gyűjteménye (1851)
•    Podmaniczky Károly báró gyűjteménye (eredetileg 3524 példány; 1842)
•    Ransonnet-Villez Lajos gyűjteménye (1848/49)
•    Schuster János gyűjteménye (1848 előtt)
•    Szaibély István gyűjteménye (1839)

Ezenkívül a további, egykor önálló leltárkönyvi egységet jelentő nagyobb gyűjtemények maradványait őrizzük:
•    Anton Fauser gyűjteménye (eredetileg 3436 tétel; 1885)
•    az Esterházy-hercegek gyűjteménye (az ásványtani rész eredetileg 4767 darab; 1882/1883)
•    Kitaibel Pál gyűjteménye (eredetileg 772 tétel; 1818)
•    Schuchardt–gyűjtemény (Görlitz) (eredetileg 5079 db; 1890)