Történeti gyűjtemény (Collectio Historica)
A történeti gyűjteményben a Kárpát-medence és környékének területéről származó legrégebbi, 1826 előtt gyűjtések, illetve gyűjtők anyagai találhatók meg, így többek között Albach, Hoppe, Kitaibel, Lumnitzer és Mygind gyűjteménye.
Kitaibel Pál gyűjteménye a példányok fotóival és cédulaadataival a http://muzeum.arcanum.hu/kitaibel címen elérhető és kereshető.
Kossuth Lajos herbáriuma
Kossuth Lajos gyűjteménye két eredeti szekrényben, összesen 16 fiókban található. A növények döntő része Olaszországból származik, de vannak magyarországi és észak-amerikai növényei is. Kossuth botanikai tevékenységét, botanikához való vonzódását Moesz Gusztáv, illetve Kováts Dezső ismerteti.
Növényakvarell-gyűjtemény (Icones Pictae Plantarum)
Csapody Verának A magyar flóra képekben (Iconographia Florae Hungaricae) című munkájában is felhasznált akvarelljeit, Koch Ernőné 237 gyümölcsfestményét és Szemere László gombákat ábrázoló 787 akvarelljét tartalmazó gyűjtemény. A gyűjtemény példányainak adatai a helyszínen adatbázisban kereshetők.